ある日、新たな敵・ナハネ、オハネフそして謎の巨大怪物体が地球を奪うために宇宙から襲来。その突然の攻撃により父・ホクトが行方不明になり、ハヤトの平穏な日々は一転する。そこに現れたのは、時空を超えてやってきた“9歳のホクト”。少年のホクトは、地球を守るため、そして元の世界に戻るため、超進化研究所が密かに開発を進めていた「シンカリオン ＡＬＦＡ-Ｘ」の運転士になることを決心する。さらに二人の想いを後押しする、北海道支部・山形支部・大宮支部・名古屋支部・京都支部・門司支部の＜チームシンカリオン＞が集結！宇宙最強の敵を倒し、ハヤトは父・ホクトと再会することができるのか!?