ゴジラシリーズ第20作。「平成シリーズ」第5作。 未曾有のゴジラ被害に対応すべく、新たに設立された「国連Ｇ対策センター」は、メカギドラの研究によって対ゴジラ用の最終兵器メカゴジラの開発を始める。その頃、復活したラドンを調査するためベーリング海のアドノア島を訪れた国立生命科学研究所の五条梓たちは、そこで謎の巨大な卵を発見、日本に持ち帰った卵からベビーゴジラが誕生する。ベビーゴジラの存在を感知し京都に上陸するゴジラ。そのころ国連G対策センターは、日本に上陸したゴジラに対し、完成したメカゴジラで精鋭部隊Ｇフォースによる迎撃を敢行するが・・・。