山中でキャンプを満喫していた動物戦隊ジュウオウジャーの前に5人の色とりどりの忍者が現れた。その忍者は、かつて牙鬼軍団と戦った手裏剣戦隊ニンニンジャーの初期メンバーだった。ニンニンジャーは、ジュウオウジャーを妖怪呼ばわりし、攻撃を仕掛ける。ジュウオウジャーも変身し、応戦する。 激突する風切大和 / ジュウオウイーグルと伊賀崎天晴 / アカニンジャーの前に天晴の息子を名乗る一人の少年、伊賀崎快晴と出会う。 ニンニンジャーは、ルンルンという異生物に寄り添っており、ルンルンに「正義のフリをして、自分の一族を殺したジュウオウジャーを倒して欲しい」と頼まれていた。天晴以外のニンニンジャーは、ジュウオウジャーを倒すために門藤操/ジュウオウザワールドを捕まえ、囮にしようとする。同じ頃、ニンニンジャーに苛立ちを募らすジューマンのみのジュウオウジャーは、偶然出会ったキンジ・タキガワ/スターニンジャーを捕まえる。