《劇場短編マクロスF ～時の迷宮～》是一部完全新作的短篇故事。故事发生在超时空世界，主要围绕着超时空偶像“兰卡·李”展开。她在巡回演唱会期间，偶然来到了被称为“灵魂之井”的神殿遗迹。这个遗迹据说是由原始文明留下的，是一个神秘的空间，可以与神明和已故之人交流。此外，由菅野洋子制作的最新歌曲“时の迷宮”再次将我们带入了这个超时空的世界。