故事发生在宇宙世纪 0079 年 1 月 23 日，吉恩与地球联邦间一决雌雄的战争，终于在 SIDE 5 鲁姆爆发。在战争中被逼入绝境的吉恩，手中握有秘密武器。就是用人型兵器“MS”所组成的特别突击大队，让战况一举逆转并大获全胜。 当中，隶属吉恩军的夏亚・阿兹那布尔，驾驶着“扎古Ⅱ”立下战积并因此晋升为少校，更获得“红色彗星”的别名。而在鲁姆会战后，地球联邦军策画了对抗吉恩军的＂V 作战＂。远在 SIDE 7 的少年阿姆罗・雷，自行动身去找寻新兵器“敢达”的秘密。另一方面，在地球的南极大陆，吉恩及地球联邦两军间和平谈判的场合，某项声明却从月神二号向全世界发出……。