连年的攻讦与征伐，欧系布里塔利亚帝国和E.U.联盟的战争中遇到了最为关键的时刻。自称世界解放战线的恐怖组织“方舟船团”在E.U.统治下的巴黎制造了前所未有的大混乱。曾经的浪漫之都谣言四起，暴动横行，底层民众拿起武器肆意宣泄着对富豪权贵的不满。与此同时，曾经大权在握呼风唤雨的神秘军师朱利叶斯·金斯利（福山润 配音）在和真·日向·夏英格（松风雅也 配音）的政治角力中败下阵来，长久以来躲在暗处的夏英格如愿走向血腥舞台的最中央。日向瑛斗（入野自由 配音）和W-Zero的战友们识破了布里塔利亚的阴谋，暗中潜入敌方的秘密基地空中飞艇之中，与夏英格手下的战将阿修雷・阿修罗（寺岛拓笃 配音）展开激烈对决。冷静关注战况的蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）突然和英斗等人失去联系，谁知在此关键时刻，布里塔利亚帝国大军压境，对W-Zero所镇守的柏斯波尔弗城发动攻击。夏英格亲自率领的圣米迦勒骑士团，以摧枯拉朽的强大攻击力荡平城中的手被力量。另一方面，E.U.东部前线部队撤退以及内部政客自乱阵脚，致令联盟发生毁灭性的动荡。在此生死存亡的危机时刻，吉恩·史麦拉斯将军（石冢运升 配音）接受青年军官的建议在巴黎发动武装政变。两大集团即将迎来左右命运和未来的决战……