公元2024年，地球被神秘女性光子率领的军事组织“商贸军团”控制，由于来自宇宙的影响，如黑色彗星碎片等，地球处于崩溃状态。在这时，来自斯瓦恩星的使者美罗降临地球，以地球再生的使命而来。在幸存的人类中，拥有进化生命体达纳赛德的哲郎等人，受美罗的引导，逐渐转变成可以自由操控DNA记忆并发挥能力的达纳赛特。意识到自己已经进化过度的他们，为了地球的再生而踏上了通往宇宙的旅程。哈尔洛克在最后阶段与阿尔卡迪亚号一起出现。此外，宇宙战舰大和也出现了。