Cuộc chiến với chằn tinh mô phỏng từ câu chuyện cổ tích Thạch Sanh trong dân gian với một chàng trai hiếu nghĩa, lương thiện cùng với mối duyên đẹp với công chúa Quỳnh Nga. Việc chuyển thể từ một cốt truyện đã ngấm vào máu thịt của bao con người Việt Nam với tinh thần tôn trọng bản sắc nhưng cũng cần có sự mới mẻ là một thách thức lớn đối với e kip làm phim Cuộc chiến với chằn tinh. Dựa trên câu chuyện cổ tích nổi tiếng nhưng bộ phim đã xây dựng một cốt truyện mang tính hư cấu. Trong khi đất nước đang thái bình thì giặc xâm lăng và quân đội của vua Hùng phải đối đầu với đối thủ dũng mãnh. Trong tình thế nguy cấp ấy, Thạch Sanh xuất hiện như người anh hùng cứu thế. Vẫn trung thành cốt truyện gốc khi để người hùng cứu nàng công chúa nhưng không phải từ tên đại bàng hung ác mà là những kẻ thù nguy hiểm. Tuy nhiên, nhiệm vụ cao cả hơn của Thạch Sanh chính là phải diệt trừ được chằn tinh để cứu cả đất nước khỏi thảm họa xâm lược.