När himlen blir röd och jorden darrar, står Japan på randen till en katastrof. En målmedveten tonåring, Suzume, ger sig ut på ett uppdrag för att rädda sitt land. Eftersom hon ser de övernaturliga krafter som andra inte ser, är det upp till henne att stänga de mystiska dörrar som sprider kaos över landet. En farlig resa väntar när landets öde vilar på hennes axlar.