Med siktet satt på att ta över världen reser det djävulska geniet Dr. Evil tillbaka i tiden till 1969 för att stjäla Austins "mojo". Nu måste Austin åka tillbaka till det hippa 60 talet, ta tillbaka sin mojo och stoppa sin mordiske ärkefiende från att förgöra världen. Tillsammans med CIA:s fabulösa superböna Felicity Shagwell, står Austin öga mot öga med ett gäng fantastiska bovar, bland dem en kiltbärande skotte i 250-kilos klassen och Mini-Me, Dr Evils psykotiska och förkrympta kloning.