Vi får följa agenterna Kay och Jay - medlemmar av en topphemlig organisation som övervakar utomjordliga aktiviteter på jorden. De hamnar mitt i en livsfarlig uppgörelse med en intergalaktisk terrorist som har anlänt till jorden för att lönnmörda två ambassadörer från motstridiga galaxer. Kay och Jays uppdrag blir att stoppa inkräktaren och rädda jorden från förintelse. Helt enkelt en vanlig dag på jobbet för Men in Black.