Pingvinerna Skepparn, Kowalski, Rico och Basse ger sig ut på ett superhemligt uppdrag för att stoppa den ondskefulle dr Octavius Bläcks planer på världsherravälde. De samarbetar med underrättelsetjänsten Nordanvinden, som leds av agent Hemlig (vi kan säga hans namn men då måste vi... ja, ni vet).