Ararat är en samtida historia om två familjer och deras sökande efter försoning och sanning. Det är också, genom en film i filmen som är under inspelning i regi av den kände armeniske regissören Edward Saroyan, en historisk rekonstruktion. Denna film i filmen baseras på den verkliga boken "An American Physician in Turkey", som handlar om belägringen av Van och de tragiska händelser som utspelade sig 1915. Atom Egoyan rör sig mellan två tidsplan och utforskar människans sökande efter en personlig, sexuell och kulturell identitet genom intima ögonblick som delas av älskande, familjer, fiender och främlingar.