Potem ko se je ježek Sonic ustalil v Green Hillsu, si nadvse želi dokazati, da ima vse, kar potrebuje, da postane pravi junak. Ko pa se dr. Robotnik vrne, tokrat z novim partnerjem po imenu Knuckles, in iščeta smaragd, ki ima moč uničiti civilizacijo, bo ježek Sonic na preizkusu. Združil bo moči s partnerjem po imenu Tails in skupaj se odpravita na potovanje po svetu, da bi poiskala smaragd, še preden zaide v napačne roke.