O solitário Johnson lamenta sua vida escassa, ansiando por um mundo de viagens e emoção. Mas depois de se envolver em uma experiência, ele se lembra de memórias vívidas de um lendário pirata espacial chamado Cobra. Com a Psychogun presa ao braço esquerdo, Cobra viajou pelo espaço com sua parceira Lady Armaroid, eles formam uma equipe temida pelas autoridades e odiada pela Guilda dos Piratas um dos grupos mais poderosos da galáxia. De volta à Terra, um encontro num casino muda a vida de Johnson, já que o colocam cara a cara com o gerente o chefe da Guilda Pirata Vaiken, que ele viu derrotado por Cobra em seu sonho. Reconhecendo ele como a Cobra disfarçada, Vaiken tenta se vingar, mas em vez disso ativa a Psychogun. Depois de vencer Vaiken mais uma vez, Cobra sai do esconderijo e parte para parar a máfia interestelar da Guilda dos Piratas. Ele e Lady Armaroid atravessam o espaço, continuando sua vida de aventura de alto risco enquanto ajudam os injustiçados pelos membros da Guilda.