Após matar Jean Grey, tomada pela Fénix Negra, Logan afasta-se dos X-Men e retira-se para fazer o seu luto. Ali é encontrado por Yukio, uma japonesa enviada para o encontrar e levar para Tóquio a fim de se despedir de Yashida, um idoso milionário que Logan salvou em 1945, e que está agora a morrer. Ele pede-lhe que proteja a sua neta e herdeira, Mariko, da Yakuza, a máfia japonesa. Mas a verdadeira razão da viagem de Wolverine não é essa e há alguém interessado em algo que Logan traz: o seu factor de cura e invulnerabilidade.