A meio de Dezembro, a Brigada SOS começa a preparar uma festa de Natal. Os membros Kyon, Nagato Yuki, Asahina Mikuru e Koizumi Itsuki começam a preparar as coisas sob as ordens da inigualável líder da brigada, Suzumiya Haruhi. Mas no dia 18, Kyon chega à escola e descobre que está num mundo onde a Suzumiya Haruhi não existe, onde um turma inteira desapareceu, onde a Asahina Mikuro não o conhece, e a Nagato Yuki é apenas uma rapariga tímida, membro do clube de literatura. A brigada SOS parece nunca ter existido, e ninguém na escola sabe quem é a Suzumiya Haruhi, e as coisas agravam-se quando a Asakura Ryouko, que tentara matar o Kyon, aparece...