Passaram-se dois anos desde a Quarta Grande Guerra Ninja e o mundo encontra-se, por fim, em paz. Isto é, até outra ameaça assombrar novamente o planeta e deixá-lo à beira da destruição. Durante a eminente catástrofe, a irmã de Hyuuga Hinata, Hanabi, é raptada. Naruto, Sakura, Sai, Shikamaru e Hinata partem numa missão para a resgatar das garras de Outsutsuki Toneri. Ao se aproximarem cada vez mais do desfecho da missão, são obrigados a enfrentar diversos obstáculos que testarão a relação que têm um com o outro, além de terem o futuro do planeta nas suas mãos. O relógio não para e a equipa apressa-se para a batalha final, onde lutarão pela paz e pelo amor.