I denne filmen leter MacGyver og hans arkeolog-venn etter den forsvunne skatten fra Atlantis. Men det er det flere som gjør, blant annet en kjeltring som vil ha kloen i skatten for enhver pris. Eventyreren MacGyver går aldri av veien for å hjelpe en venn. Hans gamle arkeologi-professor er nå kommet på sporet av den legendariske, forsvunne skatten fra Atlantis. Sammen drar de to til det krigsherjede Balkan, og finner det endelige beviset for skattens eksistens. De to unnslipper farene i krigssonen med en hårsbredd.