Jungle Cruise tar oss med på en berg-og-dalbane gjennom Amazonas jungel sammen med den smarte kapteinen Frank Wolff og den fryktløse forskeren Dr. Lily Houghton. Lily reiser fra London til Amazonas og hyrer inn Frank Wolff som guide på hans tvilsomme, men sjarmerende båt La Quila. Lily er fast bestemt på å finne legenden om et magisk tre som sies å ha helbredene krefter og som kan endre fremtiden for dagens medisin. Sammen drar de ut på et episk oppdrag hvor de møter utallige farer og overnaturlige krefter, og mens treets hemmeligheter kommer mer til syne innser de at deres og menneskehetens skjebne henger i en tynn tråd.