Piraten Burgerskjegg (Antonio Banderas) er på jakt etter den siste siden i en magisk bok, som kan gjøre alle de onde planene hans til virkelighet. Men den manglende siden viser seg å være den hemmelige oppskriften til Krabby Patty. Når Burgerskjegg stjeler den, bryter det ut fullt kaos på Bikinibunnen. SvampeBob, Patrick og resten av gjengen må begi seg opp til overflaten for å finne igjen oppskriften og redde byen sin. Den eneste måten de kan bekjempe Burgerskjeggs skurkete planer, er ved å forvandle seg til superhelter ved hjelp av den magiske boken.