Peter er i utgangspunktet en utstøtt elev på videregående som ble forlatt av foreldrene som ung, og blir oppdratt av av sin onkel Ben og tante May. Som de fleste tenåringer prøver Peter å finne ut hvem han er og hvordan han ble den personen han er i dag, og hvordan han skal oppføre seg rundt sin første ungdomsforelskelse, Gwen Stacy. Livet blir snudd på hodet når Peter oppdager en mystisk dokumentmappe som tilhørte faren, og begynner en jakt for å forstå foreldrenes forsvinning. Dette fører ham direkte til Oscorp og laboratoriet til dr. Curt Connors, farens tidligere samarbeidspartner.