Blu og Jewel har etablert en familie med tre unger, og de bosatt seg i Rio de Janeiro. Når Jewel vil at ungene skal lære seg å leve som ekte fugler, bestemmer hun at familien skal flytte til Amazonas. Blu sliter med å tilvenne seg de nye naboene, og er i tillegg redd for å miste Jewel og resten av familien til villmarkslivet.