En vulcansk desertør med en forbløffende hemmelighet kaprer Enterprise for å lete etter en myteomspunnet planet. Kirk og hans mannskap drar ut for å stoppe en gal mann i et eventyr som tar dem med til universets sentrum og til det som kanskje er et møte med Gud. Mens mannskapet er tatt som gisler av vulcaneren, må kapteinen sette sin lit til en usannsynlig allianse for å redde galaksen.