Billy Costigan er en fersk politimann som har vokst opp omgitt av kriminalitet. Det gjør ham til den perfekte muldvarp, og han settes til å infiltrere mafiaen, hvor Frank Costello er boss. Billys oppgave er å vinne Costellos tillit og dermed hjelpe etterforskerne Dignam og Queenan med å ta mafiabossen. I mellomtiden vinner spesialetterforsker Colin Sullivan alles tillit på politihuset. Ingen forstår at han er Costellos muldvarp.