Skilpaddene hadde en erkefiende i mange år, Shredder, som de til slutt klarte å beseire. I tiden etterpå har skilpaddene vokst litt fra hverandre som familie, og deres læremester, rotten Splinter, strever med å holde dem samlet. Splinter blir bekymret når merkelige ting begynner å skje i New York, og trenger å få skilpaddene til å stå samlet for å kunne hamle opp med det som venter.