朝倉都知事に謎の脅迫状が届き、翌日、開通したばかりの都営地下鉄のトンネルが爆破された。コナンの活躍でけが人こそ出なかったが、彼は事件の裏に都知事が大臣時代に建設した新潟県のダムが絡んでいるのではと推理し、恨みを持つ者がいないか捜査を開始する。ダムを造るため移設された北ノ沢村を訪れたコナンたち。だが彼らを待っていたのは、8年間眠り続けている“少年”冬馬と、雪原の真ん中で見つかった男の死体だった。