人名すら番号で管理されている25世紀。人々は広大な地下都市内で支給される精神安定剤を服用しながら、感情も娯楽も規制された単調な日常を送らされていた。そんなある日、女性ルームメイトのLUH-3417と恋に落ちた主人公のTHX-1138は精神安定剤の服用を止め、タブーとされる肉体関係まで結んだことから、反体制分子として当局に逮捕される。