白色彗星帝国との戦いに勝利したヤマトが地球に帰還して１か月後。負傷者たちの傷も癒え、修理が完了したヤマトは、新たな乗組員を迎えて訓練航海に出発する。その頃、ガミラス星に帰還したデスラーは、採掘作業を行なう謎の艦隊に遭遇。両軍の間で戦闘が始まるが、その影響でガミラス星が爆発。双子星だったイスカンダルは、バランスを失って暴走を始める。それを追跡するデスラーから通信を受けたヤマトは救援に向かう。