西暦２２０３年。大異変の調査に向かったヤマトは、宇宙を周回する水の惑星アクエリアス接近の影響で水没の危機に瀕した惑星ディンギルを発見。そこで１人の少年を救出するが、難を逃れたディンギル艦隊の攻撃を受けて大損害を被る。自動航行で地球に帰還したものの、責任を感じた古代進は艦長を辞任。一方、母星を失ったディンギル帝国は、アクエリアスを地球付近にワープさせ、水没による人類絶滅後に移住しようと企んでいた。