抜け忍ムカデ追跡任務を受け、砂隠れの廃墟・楼蘭へと向かったナルト。追い詰められたムカデは、廃墟に眠る龍脈の力を解放し、ナルトは過去の世界へ飛ばされてしまう!突如襲来する謎の傀儡集団!!そのときナルトを救ったのは、若き日の四代目火影・波風ミナトだった。