外宇宙から隕石の落下により、平和だった地方都市、ヒラツネ市が一瞬にして消滅した。調査に向かったMATは、隕石とともに飛来した宇宙最強の怪獣バグジュエルと遭遇。激しい戦闘の中、イブキ隊員のMATアローは墜落炎上する。通常兵器が通用しないバグジュエルに対し、地球防衛軍上層部は熱核兵器による攻撃を決定した。イブキの生存を信じるハヤカワ（実はウルトラマン）は核攻撃に反対するが受け入れられない。翌朝、隊長自らが操縦する核弾頭装備のMATアローが発進。そして、ハヤカワ隊員はウルトラマンへの変身を決意する…。