宇宙世紀0079、一年戦争の末期、地球連邦軍とジオン公国軍の戦いで、ジオン軍の攻撃を受けたサイド4のムーアが壊滅した。生き残ったムーアの市民で構成された地球連邦軍所属のムーア同胞団が、故郷サンダーボルト宙域の奪還を決意する一方で、ジオン軍はそれに対抗してリビング・デッド師団を展開する。ムーア同胞団のエースパイロットのイオ・フレミングと、リビング・デッド師団のエーススナイパーであるダリル・ローレンツは宿命の戦いに挑む。