アンパンマンにダダンダン二号を破壊されてしまったばいきんまんは、アンパンマンに仕返しをしようと、バイキン仙人を頼って庵に向かった。すると仙人はメコイスの壷さえあれば、世界一の大魔王になれるというのだった。その頃、ばいきんまんが向かったピラミッドには、昔滅んだヤーダ国を復活させようと、ヤーダ姫がメコイスの壷を求めて探索していた。だが、壷はばいきんまんの手に渡ってしまうのだった。アンパンマンは壷を取り返そうとするが、バイキン仙人からもらった変身玉を使って巨大グモに変身したばいきんまんによって苦戦するのだった。さらにばいきんまんは壷を使って、巨大なばいきん大魔王に変身し、暴れまわるが、ヤーダ姫がペンダントから魔王を封じ込めるヒントをつかみ、ばいきんまんは壷の中に吸い込まれていくのだった。そして、ヤーダ姫はメコイスの壷の力によって、ヤーダ国を復活させるのだった。