世界中で爆発的人気を誇るヤツらが帰ってきた。しかし、今度の敵は一筋縄ではいきそうにない。旧敵たちと古代のモンスターたちが、謎のリーダーの指揮の下で手を組んだのだ。果たしてタートルズはニューヨークを守ることができるのだろうか！？