第2次世界大戦の1941年。ナチスドイツに占領されたフランスのラ・ロシェルの港から、出撃命令によって出航する潜水艦U96にヴェルナー（ヘルバート・グリューネマイヤー）が乗り込む。ベテランの艦長（ユルゲン・プロフノウ）や乗組員に囲まれながら、荒れた海での過酷な哨戒、次々と爆雷を放ってくる敵駆逐艦との攻防、海の藻くずと化していく敵の姿など、戦争の現実を次々と目の当たりにするヴェルナー。そんな中、U96に新たな命令が下される。