12体のシャドウをすべて倒し、戦いに決着を付けたはずの理たち特別課外活動部。だが彼らの前に現われた転校生、綾時の正体が、実は滅びの宣告者である13体目のシャドウ“デス”であると判明する。これまでの戦いはデスを目覚めさせるためのものに過ぎなかったのかと絶望する理たち。そんな彼らに、綾時は戦いの記憶を消して穏やかに最後の時を迎えるか、すべてを知ったまま滅ぶかという選択肢を与える。