アルファモンが出現してから時は流れ、お台場の街は少しずつ復興が進んでいた。「日本に帰ったら、絶対大きいお風呂に入ろうって決めてたんだ！」ミミの一声もあり、新たに仲間に加わった望月芽心とメイクーモンを歓迎するために選ばれし子どもたちは近所の温泉テーマパークへ。楽しいひと時を過ごす一同だったが、そこに丈の姿はなかった。大学受験という目の前にある現実と、「選ばれし子ども」であるという責任の間で煩悶する丈。「なんでまた、僕達がやらなきゃならないんだ？」そんな折、またしてもお台場に感染デジモンが現れる。それはあの誇り高きウィルス種、オーガモン―暴走するその姿をTV局のヘリコプターが中継する中、立ち上がるミミとパルモン。「いいデジモンもいるってことを、はっきり分からせてあげる！」しかし、光子郎の制止を無視したミミとパルモンの戦いは、予想外の結果を招くのだった―それぞれに悩みを抱える丈とミミ。月島総合高校の文化祭当日、そんな二人の前に、あの男が現れる―