少林寺総本山は、清王朝の陰の実力者・赫索の武道弾圧政策によって南北二派に引き裂かれた。荒らぶる大自然を師と仰ぐ驚異の武術“北拳”の勇者・智北は、少林寺総本山の恨みを晴らすべく、日々鍛錬に明け暮れていた。ある日、智北は、引き裂かれたもう一方の“南拳”と力を合わせようと南へと旅立つ。一方、南少林寺からも、南拳最強の男・智南が送り出される。ふたりは互いに協力し合い、全武道統一と王朝打倒の悲願達成に挑む。