ゴジラシリーズ第18作。「平成シリーズ」第3作。 1992年7月、東京上空に巨大な未確認飛行物体が飛来し、２３世紀から来た未来人が姿を現す。彼らは、タイムトラベルでゴジラ誕生の時代まで歴史を遡り、その誕生を阻止する『ゴジラ抹殺計画』を呼びかける。計画は成功するが、ゴジラの消滅と同時にキングギドラが日本に来襲。すべては未来人の策略によるものだった。さらにはゴジラがより強力な怪獣へと変貌し復活を果たし、最大の危機が日本を襲うのであった！