八神太一ら「選ばれし子どもたち」が異世界・デジタルワールドへ渡ったあの夏の冒険から６年。そして、八神ヒカリたちとベリアルヴァンデモンとの最後の戦いから３年の月日が流れようとしていた。平穏な毎日が続くなか、いつの間にか閉じてしまったデジタルワールドへのゲート。選ばれし子どもたちにもその原因は分からぬまま、時間だけが過ぎ去っていく――そんなある日、突如としてお台場の街にクワガーモンが出現。その暴走により街は破壊され、人々は大混乱に陥る。クワガーモンを偶然見かけた太一は、その暴走を止めるために単身その姿を追いかけるのだった。しかし、クワガーモンと対峙するも、どうすることも出来ない太一。「だめだ…俺一人じゃ、なにもできない…」咆哮とともにクワガーモンが太一に襲いかかったその瞬間、デジヴァイスが大きな光を放ち始めた――「太一、でっかくなったなーっ！」懐かしいあの声とともに、物語は再び大きく動き始める。