人間の夢で作られた不思議な世界ファンタージェン。だが、今やそこは"無"を操る悪の女王ザイーダの侵略の危機にさらされていた。本の中から発せられる幼ごころの君の悲鳴!その助けを求める声に導かれるようにファンタージェンへ戻った少年バスチアンは、戦士アトレーユと再会。ファンタージェンを救うべく彼は今、新たな冒険の旅へ出る!"思い出マシン"により、願いごとをするたびに思い出を失っていくバスチアン。その彼が悪との戦いの最後に願ったものは?