世界各地の都市を破壊する巨大怪獣を倒すべく、平和な日常を捨てて、再び集結したサイボーグ戦士たち。その旅の途中で009は記憶喪失の少女・ヘレナと出会うが、それさえも「黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）」の罠だった。怪獣を追い詰めたその先に待っていたのは009の前に立ちはだかるヘレナ。なんと彼女は「黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）」のスパイ、サイボーグ0010だったのだ！ ヘレナと対決するものの、彼女にトドメを刺すことができない009。やがて009に命を救われたことで心が動いたヘレナの助力によって、サイボーグ戦士たちは敵基地の爆破に成功し、ついには「黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）」の野望を打ち砕いたのであった。