メイクーモンの暴走や、起きてしまったリブートに対して苦悩する芽心を残し、太一たちはデジタルワールドへ向かう。そこで再会したパートナーデジモンたちは過去の記憶を失っていたが、太一たち「選ばれし子どもたち」は、再び絆を築こうとデジモンたちと接していく。そんなある時、突然姿を現したメイクーモンが芽心を探していることを知った太一たちは、メイクーモンを救うためデジタルワールドを旅する決意を固めるが……