戦いの中で親しい人を亡くし、自らもシンプルプランのウイルスに感染した当麻。そんな中、彼女は亡き父の親友と言って現われた湯田（とうだ）の名が実は「ゆだ」＝Judahであり、一連の事件を操る謎の人物、プロフェッサーJだと気付く。一方、その湯田は保護されていたSPECホルダーの大人を惨殺し、子どもたちにはウイルスを感染させていた。残酷なやり口に激怒した当麻はついに封印を解き、自らのSPECを発現させる。