「ルナトーン岩」と呼ばれる岩に満月が上に来ると、幻のポケモンのメロエッタがリサイタルをするという。音を奏でる木の実「メロディベリー」を生み出しリサイタルを始めるメロエッタだが、リサイタル中にニャースとイワパレスが喧嘩をして砂嵐が吹き荒れ、「メロディベリー」が吹き飛ばされてしまう。このままでは、リサイタルが中止になってしまうのだ。ピカチュウたちは、「メロディベリー」を探し出すことはできるのか!?