「偉大なる航路（グランドライン）」での航海を続ける麦わらの一味のもとに、ルフィたちの故郷である「東の海（イーストブルー）」でいくつもの島が襲われているという衝撃的なニュースが飛び込む。一味は旅を中断して「東の海」へ戻ろうとするが、そこに空飛ぶ巨大な海賊船が現れた。その船に乗っていたのは、かつて海賊王ロジャーの時代に暴れていた伝説の大海賊金獅子のシキだった。 ナミの気象センスに目をつけたシキは、ナミを誘拐。ルフィたちはシキの能力によりサニー号と共に空飛ぶ島メルヴィユに落とされ、離散してしまう。メルヴィユは、凶暴な動物たちが住む弱肉強食の世界だった。奪われた仲間を取り戻すため、「東の海」を守るため、海賊王と鎬を削った伝説の男との戦いが始まる。