ゴーバスターズの宿敵・ヴァグラスのエンターが新たなメタロイド・スチームロイドを誕生させた。「錆びる」メタウイルスをインストールされたスチームロイドが発する蒸気はバディロイドのメタルボディをも錆びさせてしまい、バスターマシンが出撃不能に陥ってしまう。 エンターはゴーバスターズのピンチをチャンスと捉え、“東京エネタワー”と呼ばれる場所に大量のエネトロンを集積させ一気に亜空間へ転送させようと企む。これが実現すればヴァグラスの現実世界侵攻は一気に進むどころか、周囲の人々が転送の犠牲になってしまう。しかしマシンが動かない状態のゴーバスターズは対抗手段もおぼつかない。そんな中、出動できるマシンが一機だけ残されていた。果たしてゴーバスターズは究極の“特命”を完遂できるのか?