協定に基づき地球に侵入して来た異星人の監視を行う秘密組織MIB（メン・イン・ブラック）エージェントの活躍を描いたコメディ・タッチのSFアクション映画。NY市警の警官ジェームズは逃走中の犯人が人間でない事を知るが、その記憶は警察署に現れた黒服の男“K”によって消されてしまう。“K”はMIBと呼ばれるエイリアン監視組織の一員だった。ジェームズの腕を認めた“K”は彼を組織にスカウトし、二人は地球に無断で侵入して来た昆虫型エイリアンの追跡を開始する。