魔女であることのほかに記憶がないベヨネッタは天使を狩る毎日を過ごしていたが、ある日、失われた記憶を求めて宗教都市ヴィグリッドへ。そこでベヨネッタは過去を知る不思議な女や彼女を追うジャーナリストの男、彼女をマミーと呼ぶ幼い少女など、記憶を取り戻すための数多くの出会いを果たす。